病院・クリニックの残業代未払いは、「悪意」ではなく「見えていなかった」「ルールが曖昧だった」ことから生まれるケースがほとんどです。しかし、一度スタッフから請求や通報があれば、是正勧告や裁判に発展し、数億円規模の追加支払いに追い込まれる医療機関も実際にあります。
この記事では、実際の是正勧告・提訴事例から、医療機関で残業代未払いが起きる原因と、経営を守るための具体的な対策を解説します。
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近年、医療機関の残業代未払いがニュースになるケースが増えています。主な事例は次のとおりです（いずれも報道ベース）。
- 大分県立病院: 医師への時間外手当の一部未払いが計4億円超に上り、労働基準監督署から是正勧告（2024年12月報道・読売新聞、TBS、日テレ）
- 岐阜市民病院: 医師234人分の超過勤務手当など計約4億6,100万円を支給（2022年2月・岐阜新聞、毎日新聞）
- 名戸ヶ谷病院（千葉県柏市）: 研修医7名が時間外手当の未払いを理由に、総額2,400万円の支払いを求めて松戸地方裁判所に提訴（2025年10月）
- 東海大学医学部付属病院: 医師・臨床研修医ら約780人分の未払い残業代（概算約1億3,570万円）について是正勧告や指導（2025年10月報道・毎日新聞）
また、医療機関は他業種と比べて労働基準法の違反割合が高く、特に労働時間の管理と割増賃金の支払いで違反が指摘されやすい傾向があります。残業代問題は「他人事」ではありません。
なぜ未払いが起きるのか〜医療現場の典型パターン
医療機関で残業代未払いが起きる典型的なパターンは次のとおりです。
- 固定残業代（みなし残業）の誤用: 固定時間を超えて残業しても、その分が支払われないまま運用されている
- 診療終了後の残務処理: カルテ入力・片付け・翌日の準備・レセプト業務が労働時間として管理されていない
- サービス残業の常態化: 診療報酬請求の締め切りに合わせた残業が「当たり前」になっている
- 休日振替・時間外管理の不備: シフト制スタッフの休日振替や時間外労働が正確に記録されていない
- 複数医療機関勤務の通算漏れ: 非常勤スタッフ・非常勤医師の他院での勤務時間が把握できていない
- 自主的早出: 診療準備のための早出が黙認され、賃金が支払われていない
いずれも「医療現場だから仕方ない」では済まされず、労働基準法上は違反となります。
パート・非常勤スタッフを含め、全スタッフの実労働時間を一覧で確認できる状態を作ることが、未払いリスクの把握には不可欠です。
未払いが発覚したときのリスク
残業代未払いが発覚した場合、医療機関が負うリスクは金銭だけにとどまりません。
| リスク | 内容 |
|---|---|
| 是正勧告・指導票 | 違反内容と是正期日が示され、是正報告書の提出が求められる |
| 書類送検 | 放置すると送検され、経営者だけでなく勤務管理者も処罰対象になり得る（両罰規定） |
| 民事裁判 | 未払い分に加え、付加金（最大同額）や遅延損害金の支払い命令が出る可能性がある |
| 社会的信用の低下 | 求人への応募減少、患者・取引先からの信頼低下につながる |
違反内容と罰則の例は次のとおりです。36協定なしの時間外労働や割増賃金の不払いは6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金、最低賃金未満の支払いは50万円以下の罰金の対象になります。
残業代未払いを防ぐ5つの対策
1. 労働時間を客観的に把握する
厚生労働省の「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関する基準」では、労働時間の把握はタイムカードやICカードなど客観的な方法で行い、自己申告のみによる把握は原則認められません。打刻データを残せる仕組みが第一歩です。
2. 残業申請・承認フローを整える
残業は事前申請・承認を原則とし、管理者が現場の実態を確認するルールを作りましょう。承認なしの残業が発生している事実は、そのまま「黙示の指示」とみなされるリスクがあります。
3. 固定残業代の設計を見直す
固定残業代を導入する場合は、対象時間数・金額・超過分の支払い方法を雇用契約書と就業規則に明確に記載します。実際の残業が固定時間を超えている場合は、差額を支払う義務があります。
4. 始業前・終業後の業務ルールを明確化する
「打刻＝業務開始」を徹底し、始業前の準備業務を禁止するか、準備時間を所定労働時間に組み込むか、就業規則で明確に定めましょう。
5. 帳簿を整備する
賃金台帳・出勤簿（勤怠記録）・労働者名簿は法定帳簿です。5年間（当分の間3年間）保存し、労働基準監督署の調査で即時提示できる状態にしておきましょう。
残業代の計算は、勤怠データから自動で行える体制にすると、計算ミスによる追加の未払いリスクも減らせます。給与計算と勤怠の連携は、トラブル防止の観点からも重要です。
変形労働時間制も選択肢
診療科や季節によって忙しさが大きく変わる病院・クリニックでは、1ヶ月単位の変形労働時間制の導入も選択肢です。期間内の平均が法定労働時間以内なら、繁忙日の長時間勤務を他の日の短縮で調整できます。導入には就業規則の変更と労使協定が必要なため、専門家への相談をおすすめします。
残業代の計算の基本（割増率）
残業代は、基礎賃金に法定の割増率を掛けて計算します。主な割増率は次のとおりです。
| 区分 | 割増率 |
|---|---|
| 時間外労働（月60時間まで） | 25%以上 |
| 時間外労働（月60時間超） | 50%以上 |
| 休日労働 | 35%以上 |
| 深夜労働（22時〜5時） | 25%以上 |
割増賃金の基礎賃金からは、家族手当・通勤手当・住宅手当など一部の手当を除外できますが、役職手当や資格手当などは含める必要があります。計算の誤りはそのまま未払いの原因になるため、勤怠データからの自動計算が安全です。
残業代請求が来たときの対応フロー
勤怠記録・タイムカード・打刻データを確認し、実際の労働時間を把握します。記録がない場合は、スタッフ側の主張が認められるリスクが高くなります。
未払い分と割増率を正しく計算します。固定残業代がある場合は、対象時間数との関係（相殺の可否）も確認が必要です。
請求内容が正当であれば速やかに支払います。裁判になると付加金（未払い額と同額まで）や遅延損害金が加算される可能性があります。
原因（残務処理・固定残業代の設計・記録不足など）を特定し、勤怠管理の運用を改善します。
対応を後回しにすると負担が膨らみます。弁護士や社会保険労務士に相談しながら、できるだけ早期に対応しましょう。
よくある質問
Q. 固定残業代を払っていれば問題ありませんか？
A. 固定時間を超えた残業があれば、その分の差額を支払う義務が生じます。また、対象時間数・金額・超過分の扱いが雇用契約書や就業規則に明記されていない場合、制度自体が無効と判断されるリスクがあります。
Q. スタッフが自主的に早く出勤していた場合は？
A. 業務に従事していれば、原則として賃金の支払い義務が発生します。準備業務が恒常化している場合は、始業時刻の前倒しや準備時間の労働時間化を検討してください。
Q. タイムカードがなくシフト表しか残っていません。
A. 客観的な出退勤記録がない場合、スタッフ側が主張する労働時間が認められるリスクがあります。シフト表は予定であり実績ではありません。打刻データを残せる勤怠管理の導入が不可欠です。
まとめ
残業代未払いは「見えていない労働時間」から発生します。是正勧告や提訴の事例に学び、客観的な勤怠記録・残業承認フロー・固定残業代の明確化・帳簿整備をセットで見直すことが、経営を守る最短ルートです。まずは直近1ヶ月の勤怠記録と給与明細を突き合わせ、管理できていない時間がないかを確認してみてください。問題を見つけたら放置せず、すぐに是正するのが鉄則です。