クリニックでスタッフに時間外労働や休日労働をさせるには、36協定（時間外・休日労働に関する協定）の締結と労働基準監督署への届出が必須です。しかし「記入例が少なく書き方がわからない」「医師と一般スタッフで上限が違うの？」といった疑問を持つ管理者は多いはずです。
この記事では、厚生労働省の記載例に基づき、36協定の基本・医師の上限規制との関係・様式第9号の記入ポイント・届出手順を解説します。
36協定とは
36協定は、労働基準法第36条に基づき、時間外労働・休日労働をさせる場合に、事業主と労働者代表が締結する協定です。締結後、労働基準監督署に届け出ることで、法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超える労働が適法になります。
締結・届出がないまま時間外労働をさせた場合、労働基準法違反となり、6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金の対象となります。
一般スタッフと医師で上限が異なる
クリニックでは、一般スタッフには一般労働者の上限、医師には医師の働き方改革のA水準が適用されます。
| 対象 | 1ヶ月の時間外労働 | 年間の時間外労働 |
|---|---|---|
| 一般スタッフ（特別条項なし） | 45時間以内 | 360時間以内 |
| 一般スタッフ（特別条項付き） | 月100時間未満（2〜6ヶ月平均80時間以内） | 720時間以内 |
| 医師（A水準） | 100時間未満（2〜6ヶ月平均80時間以内） | 960時間以内 |
医師のA水準は一般労働者と同程度の年960時間が上限ですが、月45時間・年360時間という一般労働者の枠とは別に、特別条項なしでも年960時間まで認められる点が異なります。36協定では医師の業務を対象範囲に含めるかどうかを明確に定める必要があります。
締結から届出までの手順
過半数労働組合がない場合は、投票・挙手等で労働者の過半数を代表する者を選出します。使用者による指名や意向に基づく選出は認められません。
時間外労働の上限時間（月45時間・年360時間など）、対象業務、協定の有効期間（1年以内）を決定します。
必要事項を記入し、事業主と労働者代表が署名・押印します。協定書を兼ねる場合は使用者の署名・押印が必要です。
掲示板・イントラネット・書面配布等で、協定内容を全スタッフに周知します。
管轄の労働基準監督署に提出します。電子申請にも対応しています。
様式第9号の記入ポイント
厚生労働省の記載例では、以下の点が重要とされています。
- 事業場の名称・所在地・労働保険番号・法人番号を記載する
- 協定の有効期間は1年以内とし、開始日を明記する
- 業務の範囲を細分化して明確に定める
- 時間外労働の上限（1日・1ヶ月・1年）を具体的に記載する
- 月100時間未満・2〜6ヶ月平均80時間以内のチェックボックスに必ずチェックする（チェックがない場合は有効な協定届にならない）
- 過半数代表者の選出方法を記載する
チェックボックスの未チェックは「形式上の要件を満たさない」とされ、受理されないケースがあります。提出前に必ず確認してください。
特別条項を設ける場合
臨時的な業務（月末の決算事務、受注の集中など）で月45時間・年360時間を超える見込みがある場合は、特別条項付き36協定を締結します。特別条項では、年720時間・月100時間未満・2〜6ヶ月平均80時間以内が上限となり、特別条項を適用する具体的な事由を定める必要があります。
クリニックでは、インフルエンザ流行期の診療時間延長や健診業務の集中などが特別条項の対象になり得ます。あらかじめ想定される事由を定めておくと、急な対応が必要になったときに安心です。
特別条項の記載例
特別条項を設ける場合は、様式第9号に次のような記載を行います。
- 適用する事由: 「インフルエンザ等の感染症流行期における診療時間の延長」「健康診断・予防接種業務の集中」「月末のレセプト・給与計算業務の集中」など
- 限度時間: 「1ヶ月100時間未満（2〜6ヶ月平均80時間以内）・1年720時間以内」
- 適用除外の手続き: 特別条項を適用する際の周知方法・記録の保存方法
特別条項は「あれば何でも残業させてよい」という制度ではありません。限度時間（年720時間・月100時間未満）は必ず守る必要があり、適用実績は労働基準監督署の調査でも確認されます。
36協定と就業規則の関係
36協定は時間外・休日労働の「上限と手続き」を定めるもので、就業規則とは役割が異なります。就業規則には、労働時間・休日・時間外労働に関する基本ルール（始業・終業時刻、休日、割増賃金の支払いなど）を定めます。
36協定と就業規則の内容が矛盾していると、どちらを優先すべきか混乱が生じます。例えば、就業規則に「時間外労働は月45時間まで」と定めているのに、36協定で特別条項を締結する場合は、適用条件を明確にしておく必要があります。両方の内容を定期的に照合しましょう。
電子申請での届出手順
36協定届は、書面での提出に加えて電子申請に対応しています。電子申請を利用すると、書類の郵送や窓口訪問の手間が省けます。
36協定届の様式に沿って、事業場情報・協定内容・代表者情報を入力します。
事業主と労働者代表の合意を確認し、電子申請システムから送信します。
受理されたか確認し、控えを保存します。更新時期（有効期間満了前）には更新手続きが必要です。
電子申請の詳細な手順は、労働基準監督署の案内や電子申請システムの説明を確認してください。
よくある質問
Q. 36協定の有効期間はどのくらいですか？
A. 1年以内に定めることが一般的です。1年を超える有効期間は認められません。毎年更新手続きが必要になります。
Q. 医師だけを対象にした36協定は必要ですか？
A. 医師の時間外労働の上限はA水準で年960時間と、一般労働者（特別条項なしで年360時間）と異なります。医師と一般スタッフで異なる上限を定める場合は、協定の対象範囲を明確にし、必要に応じて区分して締結します。
Q. 時間外労働の上限を超えそうになったらどうすればいいですか？
A. 勤怠データで日々の時間外労働を可視化し、上限に近づいたら業務の調整や人員の増員を検討します。超過が続く場合は、特別条項の締結や業務プロセスの見直しが必要です。
Q. 過半数代表者は誰でもなれますか？
A. 労働者の過半数を代表する者である必要があり、管理監督者（院長など）はなれません。投票・挙手等で選出し、その選出方法を協定に記載します。
36協定の上限を守るための勤怠管理
36協定で定めた上限を守るには、日々の時間外労働をリアルタイムで把握することが不可欠です。タイムカードや手計算では、月45時間・年360時間の累積管理や、2〜6ヶ月平均80時間以内のチェックを正確に行うことは困難です。
勤怠管理システムで時間外労働を自動集計し、協定の上限に近づいたらアラートを出す仕組みにすれば、違反の予防と管理者の負担軽減を同時に実現できます。労働基準監督署の調査でも、客観的な勤怠記録が最も有力な証拠になります。
まとめ
クリニックの36協定は、一般スタッフ（月45時間・年360時間）と医師（A水準・年960時間）の上限の違いを理解し、様式第9号を正確に記入・届出することが基本です。特別条項を設ける場合は上限（年720時間・月100時間未満）を守り、勤怠データで日々の時間外労働を可視化しましょう。