クリニック向け勤怠管理システムおすすめ比較【2026年版】Medical Attend・ジョブカン・freeeを徹底比較

「クリニックに合った勤怠管理システムがどれかわからない」「一般企業向けのシステムだと、当直やパート管理の機能が足りない」——クリニック経営者・事務長からよく聞かれる悩みです。

通常の企業とは違い、クリニックには医師の時間外労働規制・当直・宿日直・パートスタッフのシフト・ベースアップ評価料の計算など、特有の運用要件があります。一般企業向けの勤怠管理システムでは対応しきれない部分が多いのが実情です。

この記事では、クリニック経営者・事務長向けに、主要な勤怠管理システム8サービスを「クリニックが本当に求める機能」で比較し、最適な選び方を解説します。

クリニックの勤怠管理に求められる5つの要件

一般企業向けのシステムでは不足しがちな、クリニック特有の要件を整理します。

クリニック向け勤怠管理システム 一覧比較

以下の8サービスを、クリニックに必要な機能軸で比較しました。

各サービスを詳しく解説

Medical Attend — クリニック専用に設計されたオールインワン

Medical Attendは、クリニックの勤怠管理に必要な機能を全て備えた総合型システムです。シフト管理・打刻・勤怠集計・給与計算・ベースアップ評価料の自動計算まで、一つのツールで完結します。

• シフト管理：LINEやアプリでの希望提出→自動反映→作成までカバー
• 当直・宿日直対応：実装予定。通常勤務と異なる勤務パターンを個別設定可能に
• 医師勤務時間管理：実装予定。時間外労働の上限アラート、月別・年別の集計
• ベースアップ評価料：勤務時間データから自動で配分額を計算、計画書用データをワンクリック出力
• 給与計算：勤怠データから給与を自動計算。賞与・社会保険にも対応

シフト作成は完全無料で利用でき、勤怠管理・給与計算は固定レートで追加可能。スタッフ数無制限・クレジットカード不要で始められます。

ジョブカン勤怠管理 — 汎用性の高い勤怠管理

ジョブカンは勤怠管理に強みを持つ汎用システムです。30日間の無料トライアルがあり、初期費用は無料。ただしシフト管理は別オプション（ジョブカンシフト）の契約が必要です。

クリニックで使う場合の注意点：

• 当直・宿日直の設定は汎用の勤務パターンで代用する必要がある
• ベースアップ評価料の自動計算には対応しておらず、CSV出力後に手計算が必要
• 給与計算連携は可能だが、ジョブカン給与は別契約

freee勤怠管理 — 給与・会計連携に強い

freeeは会計ソフトで有名なfreeeが提供する勤怠管理システムです。freee給与・freee会計との連携に優れており、税理士や会計事務所と連携しているクリニックにはメリットがあります。

クリニックで使う場合の注意点：

• シフト管理機能はなく、別のシフト管理ツールと併用が必要
• 当直・宿日直の設定は非対応。勤務パターンの細かい制御ができない
• ベースアップ評価料の計算は非対応
• 月額料金が発生する（無料プランなし・30日無料トライアルあり）

マネーフォワード クラウド勤怠 — 会計・給与との一体運用

マネーフォワードはfreeeと同様、クラウド会計との連携が強み。給与計算・社会保険手続きまで含めた一体運用を求めるクリニックに向いています。

• シフト管理機能は非対応。別ツールとの併用が必要
• 当直・宿日直の設定はマスタ設定で代用可能だが、自動制御はできない
• ベースアップ評価料の計算は非対応
• 給与計算・年末調整の自動化はメリット

Airワーク 勤怠管理 — リクルートの総合型

Airワークはリクルートが提供する勤怠管理システム。シフト管理は別サービス「Airシフト」との連携でカバーできます。飲食・小売向けのイメージが強いですが、設定次第でクリニックでも使えます。

• Airシフトとの連携でシフトから勤怠までの流れは一応カバー
• 当直・宿日直の設定は汎用のシフトパターンで代用可能
• 無料プランはあるがスタッフ数に制限あり（有料プランで拡張）
• ベースアップ評価料の計算は非対応
• クレジットカード登録が必要

キントレ（kintone）— 自由度の高いカスタマイズ型

サイボウズのkintoneは、ノーコードで業務アプリを作成できるプラットフォームです。勤怠管理も自社でアプリを作成すれば実現可能ですが、導入には知識と工数が必要です。

• 自由度は最高だが、設定に時間と知識が必要
• 当直・宿日直の管理もアプリ次第で実装できるが、設計から行う必要がある
• 給与計算連携には別途プラグインやAPI連携が必要
• ベースアップ評価料の計算は対応していない
• 担当者が変わると運用が継続できないリスクがある

TimeRex — 予約型スケジュール管理

TimeRexは美容室や整体院向けの予約管理システムです。スタッフのシフト管理ではなく、患者・顧客の予約管理がメイン。クリニックの勤怠管理には使えません。

Excel手動管理 — コストゼロの反面、リスク多数

今なお多くのクリニックがExcelや紙で勤怠管理を行っています。コストはゼロですが、以下のリスクがあります。

• 打刻の改ざん・なりすましが技術的に可能（労働基準法上のリスク）
• 2024年4月から労働基準法施行規則が改正され、客観的な勤務時間の記録が事実上義務化されています
• 医師の時間外労働の上限管理が事実上不可能
• ベースアップ評価料の配分計算を手作業で行うのは非現実的
• 社会保険適用拡大に伴い、正確な勤務時間記録が必要に

【目的別】クリニックにおすすめの選び方

✅ 勤怠管理の完全自動化を目指すなら → Medical Attend

シフトから勤怠・給与・ベースアップ評価料まで一気通貫で運用できます。特に以下のクリニックにおすすめです。

• 常勤医＋パートスタッフが混在していて勤務パターンが複雑
• ベースアップ評価料の計算を自動化したい
• スタッフ数無制限でコストを抑えたい
• 導入・運用がシンプルなシステムが良い

✅ 給与計算は税理士任せで、打刻だけ自動化したい → ジョブカン

勤怠データをCSV出力して税理士に渡す運用ならジョブカンも選択肢になります。ただしシフト管理は別途必要です。

✅ 会計ソフトとの連携を最重視する → freee or マネーフォワード

すでにfreee会計やマネーフォワード会計を使っているクリニックなら、連携のしやすさがメリット。ただしシフト管理・当直・ベア評価料はカバーされないため、別ツールとの併用が前提になります。

✅ 今のExcel運用を続ける場合の注意

Excel運用を続ける場合は、以下の観点でリスクを確認してください。

• 客観的な勤務時間の記録ができているか（2024年4月〜改正労基法施行規則）
• 医師の時間外労働が上限を超えていないか
• ベースアップ評価料の配分計算を毎月正確に行えているか
• 社会保険適用拡大に伴い、パートスタッフの勤務時間を正確に把握できているか

よくある質問

Q. クリニック向け勤怠管理システムの相場はいくらですか？

一般的な相場はスタッフ10〜30名のクリニックで月額1〜3万円程度です。Medical Attendはシフト管理が無料で、勤怠管理・給与計算は固定レート（月額3,000円〜）で利用できます。

Q. 電子カルテとの連携は必要ですか？

電子カルテと勤怠管理システムの連携は、現時点では一般的ではありません。多くのクリニックでは勤怠管理と電子カルテは独立して運用しています。

Q. パートスタッフにスマホを持っていない人がいますが、大丈夫ですか？

Medical Attendはクリニックに設置したタブレットを使った打刻が基本です。スタッフは出退勤時にタブレットを操作するだけなので、スマホがなくても打刻できます。スタッフ専用アプリのインストールも不要です。

まとめ：クリニックの勤怠管理システム選びで最も重要なこと

クリニックの勤怠管理システム選びで最も大事なのは、「シフト管理＋勤怠管理＋給与計算＋制度対応」を一つのシステムで完結できるかです。

シフトはA社・勤怠はB社・給与はC社・ベア評価料はExcel…というバラバラの運用は、以下の問題を引き起こします。

• スタッフ情報の二重管理による転記ミス
• システム間の連携に手作業が発生
• 制度改正のたびに各システムに個別対応が必要
• トータルコストが割高になる

可能な限り、一つのシステムで運用を完結できる製品を選びましょう。

Medical Attendなら、クリニックの勤怠管理をワンストップで

Medical Attendは、クリニックの勤怠管理に必要な機能をすべてカバーするオールインワンシステムです。

• ✅ シフト管理（希望提出〜作成まで完全無料）
• ✅ 打刻・勤怠管理（タブレット・PCから）
• 🔄 当直・宿日直・医師勤務時間管理（実装予定）
• ✅ 給与計算（賞与・社会保険対応）
• ✅ ベースアップ評価料の自動計算
• ✅ スタッフ数無制限・クレカ不要

30日間の無料トライアルで、ぜひその使いやすさを体感してください。